Vergi uyuşmazlığı, vergi mükellefleri ve Mali İdare ya da Gümrük İdaresi arasında oluşan ihtilaftır. Vergi uyuşmazlığı neden oluşur, dersek vergi ve gümrük mevzuatındaki tanım ve çerçevelerde yapılan değişiklik, çeşitlendirme ve güncellemelerden çıkabileceği gibi hesap ve mevzuat hataları sebebiyle de oluşabilir. Matrah, vergi miktarı, yükümlünün şahsı, yükümlülük ve mükerrerlik durumu uyuşmazlığa yol açabilir. Bunlarla birlikte vergi konusunda veya verginin alınacağı dönemle ilgili de hatalar oluşabilir.