Sistem denetimi, rehberin genel çerçeve kısmında belirtilen metodolojiye uygun olarak yürütülür.
Sistem denetiminde;
• Kamu gelir, gider, varlık ve yükümlülüklerinin etkili, ekonomik ve verimli bir şekilde yönetilmesi,
• Kamu idarelerinin kanunlara, temel politika belgelerine∗ ve diğer düzenlemelere uygun olarak faaliyet göstermesi,
• Karar oluşturmak ve izlemek için düzenli, zamanında ve güvenilir rapor ve bilgi üretilmesi,
• Her türlü karar ve işlemlerde usulsüzlük ve yolsuzluğun önlenmesi,
• Varlıkların kötüye kullanımının ve israfının önlenmesi ile kayıplara karşı korunması amacıyla oluşturulan iç kontrol sistemi bir bütün olarak değerlendirilir ve iç kontrol bileşenlerinin var olup olmadığı incelenir.