E-Arşiv Faturalar da başta e-Fatura olmak üzere diğer faturalar gibi iptal edilebilir ve yeniden düzenlenebilir. E-Arşiv Fatura iptal etmek için gerekli süre ise fatura resmiyet kazandıktan sonra 7 gündür. 7 gün içinde iptal edilmeyen faturalar için yeni düzenlemeler yapmak gerekir. Bu durumda alıcı satıcıya bir iade faturası düzenleyerek gönderir. İade faturası da satıcıya ulaştıktan sonra tekrar fatura düzenleyerek alıcıya gönderir ve süreç böylece tamamlanır. Eğer müşteri bir firma değilse alıcının Gider Pusulası düzenlemesi gerekir.